En el 2012, dejó la corte constitucional para asumir la rectoría de la Universidad Externado de Colombia, tras el fallecimiento de uno de sus maestros Fernando Hinestrosa, que duró en el cargo 49 años. Con seis años en el cargo, su discrurso principal ha sido llevar una política de «continuismo ascendente».
Realizó su pregrado en derecho, en la Universidad Externado de Colombia. Tiene una especialización en derecho administrativo de la Universidad de París 2, en derecho Público interno francés. Además de tener un doctorado en Derecho en una de las escuelas más importantes de Europa, la Universidad de Panthéon en París.
Henao fue promotor de la justicia transicional implementado en el gobierno de Juan Manuel Santos, siendo consultor del gobierno en el ámbito jurídico y de restitución de tierras. Además, fue uno de los abogados redactores de la pregunta implementada en el plebiscito del dos de octubre del 2016.
El 15 de septiembre del 2016, Henao afirmó que el proceso de paz con las FARC es el más completo del mundo.
Ha dedicado gran parte de su vida a la academia, siendo docente y catedrático en distintas universidades de Colombia y Francia. Vivió varios años en Montpellier (Francia). Posee una amplia experiencia como abogado litigante, especialmente en entidades del sector público y privado. Fue procurador primero y Conjuez de la Sección Tercera del Consejo de Estado. Además de ser magistrado y presidente de la corte constitucional por tres años. En el 2018, junto a 72 investigadores de la Universidad Externado de Colombia, sacó el estudio más profundo sobre corrupción.
Fue protagonista en el segundo gobierno del entonces presidente de la república, Juan Manuel Santos. Fue asesor del gabinete negociador en los acuerdos de paz en La Habana-Cuba. Siempre fue defensor de la paz, por lo cual fue citado a diferentes entrevistas en los medios de comunicación. A continuación, una entrevista en el programa `Pregunta Yamid`.
Juan Carlos Henao Pérez 