Henao fue promotor de la justicia transicional implementado en el gobierno de Juan Manuel Santos, siendo consultor del gobierno en el ámbito jurídico y de restitución de tierras. Además, fue uno de los abogados redactores de la pregunta implementada en el plebiscito del dos de octubre del 2016.
El 15 de septiembre del 2016, Henao afirmó que el proceso de paz con las FARC es el más completo del mundo.
Fue protagonista en el segundo gobierno del entonces presidente de la república, Juan Manuel Santos. Fue asesor del gabinete negociador en los acuerdos de paz en La Habana-Cuba. Siempre fue defensor de la paz, por lo cual fue citado a diferentes entrevistas en los medios de comunicación. A continuación, una entrevista en el programa `Pregunta Yamid`.
En el 2012, dejó la corte constitucional para asumir la rectoría de la Universidad Externado de Colombia, tras el fallecimiento de uno de sus maestros Fernando Hinestrosa, que duró en el cargo 49 años. Con seis años en el cargo, su discrurso principal ha sido llevar una política de «continuismo ascendente».
Juan Carlos Henao Pérez 