Henao fue promotor de la justicia transicional implementado en el gobierno de Juan Manuel Santos, siendo consultor del gobierno en el ámbito jurídico y de restitución de tierras. Además, fue uno de los abogados redactores de la pregunta implementada en el plebiscito del dos de octubre del 2016.
El 15 de septiembre del 2016, Henao afirmó que el proceso de paz con las FARC es el más completo del mundo.
Juan Carlos Henao Pérez 